In den Jahren 1967/1968 wurde das Schulgebäude in Waldkraiburg-Süd erstellt. Am 11. September 1968 besuchten 297 Kinder aus Waldkraiburg-Süd zum ersten Mal die Beethovenschule. Vom ersten Tag an gehörten die Schüler aus Pürten dazu. Nach Auflösung der Schule Fraham kamen weitere Kinder dazu. 1974 wurden 342 Kinder in 10 Klassen unterrichtet. Der erste Schulleiter war Karl Säckl, ab dem Schuljahr 1973/1974 folgte Franz Hübner als Rektor. Mit Beginn des Schuljahrs 1989 übernahm Karl Gold die Schulleitung für die folgenden 15 Jahre. In den Jahren 1993 – 1996 wurde die Beethovenschule komplett saniert. Nach der Pensionierung von Herrn Gold trat im September 2004 Margit Lang ihren Dienst als Schulleiterin der Beethovenschule an. Diese verabschiedete sich im Juli 2019 in den wohlverdienten Ruhestand. Im Schuljahr 2019/2020 wurde die Schule von der Konrektorin Maria Franz (später Maria Gold) geleitet, da die Rektorenstelle unbesetzt blieb. Seit September 2020 steht die Grundschule an der Beethovenstraße und der Leitung von Rektor Andreas Kraus.